Ο Πυθαγόρας πίστευε στην μετενσάρκωση, δηλαδή ότι η ψυχή περνάει από σώμα σε σώμα μετά τον θάνατο, μια διαδικασία που ονομάζεται και μετεμψύχωση ή μεταθανάτιος κύκλος. Έδινε έμφαση στην πνευματική κάθαρση για την απελευθέρωση της ψυχής από τον κύκλο των γεννήσεων.

Ο Ηρακλείδης από τον ⚓ Πόντο ⚓, σύμφωνα με τον Διογένη Λαέρτιο, αναφέρει πως ο Πυθαγόρας έλεγε πως κάποτε υπήρξε Αιθαλίδης και ήταν γιος του Ερμή. Ο Ερμής του ζήτησε να διαλέξει ό,τι ήθελε, εκτός από την αθανασία. Ζήτησε λοιπόν, όσο ζει, να θυμάται όσα του έχουν συμβεί. Έτσι μπορούσε να επαναφέρει στη μνήμη του τα πάντα από τις προηγούμενες ζωές του.